De werkgever die in kennis gesteld is van de arbeidsongeschiktheid van zijn werknemer en hiervan eventueel een medisch attest ontving, kan deze arbeidsongeschiktheid betwisten. Dit mag met alle rechtsmiddelen, getuigen en vermoedens inbegrepen. De rechter zal desgevallend het aangebrachte bewijsmateriaal moeten beoordelen.^[170] Wanneer de werknemer een medisch attest heeft voorgelegd, zal de werkgever het vermoeden van arbeidsongeschiktheid slechts in zeer uitzonderlijke gevallen kunnen weerleggen met andere middelen dan een geneeskundige controle.^[171]

Sommige rechtbanken oordelen zelfs dat een medisch attest dat door de werknemer is voorgelegd, alléén door een medische controle kan worden tegengesproken.^[172] Een werkgever probeerde ooit te bewijzen dat de ziekte van zijn werknemer geveinsd was via een verklaring van een door hem ingehuurde en betaalde privédetective. De rechter oordeelde echter dat dit verslag niet als bewijsmateriaal mag aangewend worden om de ziekte van de werknemer te betwisten omdat de privédetective speciaal door een partij met een belang in de zaak, met name de werkgever, ingehuurd en betaald werd.^[173]

De werkgever mag dus een door hem gemachtigd en betaald arts vragen de arbeidsongeschiktheid te controleren.^[174] Deze controle is mogelijk gedurende de hele periode van de arbeidsongeschiktheid, dus ook na de periode van het gewaarborgd loon.^[175] De werkgever kan de werknemer enkel geneeskundig laten controleren wanneer deze zelf zijn arbeidsongeschiktheid inroept. [176]Artikel 31 van de Arbeidsovereenkomstenwet verleent aan de werkgever dus niet het recht de werknemer te laten onderzoeken om bv. vast te stellen dat deze niet langer geschikt is om zijn arbeid te verrichten.

Controlegeneeskunde is de medische activiteit die door een arts wordt verricht in opdracht van een werkgever om de arbeidsongeschiktheid wegens ziekte of ongeval van een werknemer te controleren.^[177] De keuze van de controlearts is voor de werkgever vrij voor zover de arts voldoet aan enkele voorwaarden^[178]:

De arts moet gerechtigd zijn om de geneeskunde uit te oefenen.
Hij moet vijf jaar ervaring hebben als huisarts of een daarmee vergelijkbare praktijk.
Bij elke opdracht moet de arts een verklaring van onafhankelijkheid ondertekenen als garantie van onafhankelijkheid tegenover de werkgever en de werknemer ten aanzien van wie hij de controle uitvoert.

Algemeen werd aangenomen dat de controlearts aangeduid kon worden door de verzekeringsmaatschappij waarbij de werkgever zich heeft verzekerd voor de betaling van het gewaarborgd loon.^[179] De vraag rijst nu of dat standpunt nog mag worden gevolgd, omdat de wet uitdrukkelijk een verklaring van onafhankelijkheid van de controlearts eist.

De werkgever is niet gebonden aan de vermelding van de controlearts in bv. het arbeidsreglement; hij mag de keuze van de controlearts altijd eenzijdig wijzigen.^[180]

De preventieadviseur-arbeidsarts mag evenwel niet als controlearts in zijn eigen onderneming worden aangesteld.^[181] Ook de adviserend arts bij het ziekenfonds mag niet als controlearts optreden.^[182] De arts moet in staat zijn objectief te kunnen oordelen en onafhankelijk te kunnen handelen. Om die reden werd geoordeeld dat de echtgenote van de werkgever ook niet als controlearts mag optreden.^[183]